1508 wurde Baldassarre Peruzzi von Agostino Chigi mit der Konstruktion der Villa beauftragt. Der schlichte und harmonische Stil macht aus dieser Villa eines der wichtigsten Beispiele der Renaissancevillen. Einige Räume wurden von Peruzzi selbst bemalt. Später fügten Raffael und seine Schüler einige Werke hinzu. 1577 wurde sie von Kardinal Alessandro Farnese gekauft.