Secondo la tradizione, nell’VIII secolo sul luogo dove S. Agnese fu martorizzata, fu costruiti un oratorio. Nel 1652 Papa Innocenzo X commissionò a Girolamo Rainaldi ed a suo figlio Carlo di ricostruire la chiesa come una cappella di famiglia adiacente al suo palazzo. Dal 1653 al 1657 il Borromini prese l’incarico del lavoro. La chiesa fu completata alla fine del XVII secolo.