La Chiesa, una delle più antiche basiliche romane, fu costruita nel IV secolo e dedicata a San Clemente. Fu danneggiata nel 1084 e ricostruita nello stesso luogo nel 1108.
I meravigliosi mosaici collocati nei due piani di San Clemente (basilica superiore e basilica inferiore), sono tra i più importanti esempi di arte medievale a Roma.